AlmaLinux v.s. Debian OS's on Water MD and Siesta-4

　宇宙科学や地球物理，物理・化学，工学において物質の時間発展や
定量変動を予測するための道具として，計算機シミュレーションは大きな
力をもつ。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータが用い
られる。
　それを実際に動かすために Unix OSが使われるが，普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSが使用される。RedHat OSの無料版である
CentOSは2024年5月に期限が終了したため，攻撃を心配する人たちは，
Debian OSや Ubuntu OSに乗り換えた人は多いだろう。

　AlmaLinuxは CentOS 7の後継として，その使用法は以前と同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストールに使う。ところが，
下記の箇所ではバグがあると思われる（ベクトル・行列計算のScalapack
では CentOS 7で修復，pip3に関連したpairlistがコンパイルが不能）。

　これらインストールに関して Debian-12 OSでは問題が起きなかった。
ただし，sudoがインストールされていないときは，$ apt install sudo などを
行う（rootのパスワードが必要）。gfortran, make, ... は 4 GBの初期状態
でありインストールされていない！scalapack-2.2.0のコンパイルは有効で
あり，https://github.com/Mtanaka77/ のAlmaLinux and Debian OS で，
インストール方法を書いたので参照してほしい （BLACS, SRCなどの
ディレクトリに行き，そこで順番に $ make を行う。SRCではMakefileで
キーワードを与える）。

　AlmaLinux-9とDebian-12を比較して，3次元水分子動力学の粒子シミュ
レーション，Ab initio分子動力学法 Siesta のテストを書こう（英語で）。
その結論では，定評ある Debian OSを使うことを推奨する。

English
AlmaLinux v.s. Debian OS's on Water MD and Siesta-4
Simulations of Molecular Dynamics in AlmaLinux and Debian


References
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
　M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code, 　
　https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
　TIP5P_code (May 2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. This PDF file, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_
Debian-12.pdf/.
　
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