優れた Linux Debian OS を使う

　宇宙科学や地球物理，物理・化学，工学において物質の時間発展や
定量変動を予測する道具として，計算機シミュレーションは大きな力を
もつ。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータが用いられる。
計算機を実際に動かすためには Unix OSが使われるが，普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSが使用される。ここでは Debian OSを基準として，
新しい AlmaLinux OSのテストを行う。

　CentOS 7は2024年5月に期限が終了した。このLinux OSを使うために
細心の注意を持っていれば使い続けることは可能だろう （注意：
"Windows OSは攻撃に対して無力である"，とプロフェッショナルの
書き込みがあった）。攻撃を避けるためは Debian や Ubuntu OSに
乗り換えるのが普通と思われる。

　AlmaLinuxは CentOS 7の後継と見られ，その使用法は同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストール時に使われる。
まずインターネットでは，FFTW3などほとんどのURL が接続できな
かった。AlmaLinux-9.6では多くのインターネットサイトにつながるよう
になったが，MIT生成のFFTW3はクローズされたままである。
（Windowsで一度ダウンロードして，次にLinux側にアップロードする2度
の手間になる。また画面内のマウスが，Ctrlを押して境界を越えて外に
出す必要がある。これは以前と同じ結果であり改善が望まれる。
Debian OSでは，自由にマウスを動かせる）。

　分子動力学で，AlmaLinux OSでは，Classical MD, および Ab-initio MD
Siesta ではランが動作する。ベクトル・行列計算のScalapack v.2は
Debian OSのインストール法で回避できるが，pip3に関連したpairlist は
コンパイルが不能であった。
　AlmaLinux-9.6 ではpairlistがPython-3.13のもとで修正され，pip3のGenice
は一見成功と見えたが，これを用いて値を出力する "genice CS1..." は
エラーのままである。

　これらのインストールで，Debian-12 OS では問題が起きていない。現在は
Debian 13が最新版である，https://www.debian.org/。 一方，sudo，gfortran,
make, ... のパッケージは初期状態の4 GB容量ではインストールしないので，
必要なものは $ apt install sudo などで入れていく （root権限のパスワードが
必要。"$ " は入力を表すプロンプトであり，実際には書かない）。

　Scalapack-2.2.0（最終版）のコンパイルは，https:/github.com/Mtanaka77/
の " AlmaLinux and Debian OS's " では，Linux OSの比較を書いている。
そのScalapackでは，BLACS, PBLAS, SRCなどのサブディレクトリに移り，
$ make で実行できる。ただし，SRCではMakefileファイルの最後で，.f.o :
の $*.f の直前に -fallow-argument-mismatch を書き，$ make -B -k -r を行う
（無条件に全ターゲットをmakeするという意味。最近のOSでは$ make では
コンパイルが動作しない）。

　AlmaLinux-9とDebian-12をインストールした上で，3次元水分子動力学
の粒子シミュレーション，そしてAb initio分子動力法 Siesta については，
この記事を参照（英語版）。結論としては，定評がある Debian OSの
インストールを勧める。さらに help の詳細な内容やユーザーが無償で
パッケージを作ることなどに，Debian OSの良さがある。


English
1. AlmaLinux v.s. Debian OS's
2. Simulations of Molecular Dynamics in AlmaLinux and Debian
　by PPoint PDF

References:
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
　M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code, 　
　https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
　TIP5P_code (2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. PDF, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_Debian-12.pdf/.


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